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Die Handlung spielt in einer fiktiven Welt, die hauptsächlich aus der Sicht von Ninjas des Dorfes Konoha-Gakure dargestellt wird. Hauptcharakter ist der junge Ninja Naruto, dessen Weg, ein Erwachsener und oberster Ninja seines Dorfes zu werden, verfolgt wird.
Naruto erscheint in Japan seit 1999 wöchentlich in Einzelkapiteln im Manga-Magazin Weekly Shōnen Jump des Shueisha-Verlags. Diese Einzelkapitel werden auch regelmäßig in bisher 47 Sammelbänden zusammengefasst.
Auf Deutsch erschien der Anfang der Manga-Serie von 2001 bis Dezember 2005 im mittlerweile eingestellten monatlichen Manga-Magazin BANZAI! des Carlsen-Verlags. Seit 2002 wird die Serie auch in Taschenbuchform veröffentlicht, zunächst in drei- bis viermonatigem Erscheinungsrhythmus, seit der Einstellung des BANZAI!-Magazins monatlich oder zweimonatlich. Bisher sind 38 Taschenbücher erschienen. Im Juni 2008 erschien der Zusatzband Naruto - Die Schriften des Hyō (秘伝・兵の書, "Hiden: Hyō no Sho") auf Deutsch.